Ngày 09-06-2006, hãng thông qua một thỏa thuận trong đó Cathay Dragon trở thành hãng hàng không con của Cathay Pacific, tuy nhiên hãng này vẫn tiếp tục hoạt động dưới thương hiệu của mình. Với việc sở hữu Cathay Dragon đồng nghĩa với việc hãng có thêm nguồn lực để thâm nhập thị trường Trung Hoa đại lục, một thị trường đang phát triển một cách nhanh chóng. Tổng công ty hàng không quốc gia Trung Hoa và hãng hàng không trực thuộc Air China sở hữu 17.5% cổ phần trong Cathay Pacific, ngược lại, Cathay Pacific cũng sở hữu 17.5% cổ phần trong Air China.CITIC Pacific cũng giảm số cổ phần của mình xuống 17.5% và Swire Group xuống 40%[15][16]

Ban đầu, Cathay Dragon có kế hoạch phát triển thị trường quốc tế. Hãng này đã khai thác các đường bay tới Bangkok và Tokyo cũng như một kế hoạch khai thác các dịch vụ chở hàng tới New York, Los Angeles, Chicago, San Francisco và Columbus với 9 máy bay Boeing 747-400BCF vào năm 2009.[17] Hãng cũng mua 3 máy bay Airbus A330-300 để khai thác các dịch vụ chở khách tới Sydney và Seoul.[18]

Tuy nhiên, sau khi trở thành công ty con của Cathay Pacific, một vài đường bay trong kế hoạch mở rộng của Cathay Dragon được xem xét lại, để không bị trùng với các đường bay có sẵn của Cathay Pacific. Các đường bay của hãng này tới Bangkok và Tokyo (Narita và Haneda) và các đường bay tới Sendai, Phuket, Manila, Hà Nội và Kathmandu được thành lập. Cùng với việc sáp nhập các bộ phận giống nhau trong hai hãng hàng không trước đây, hợp đồng lao động của một số nhân viên Cathay Dragon được chuyển sang Cathay Pacific.[19]